Gli anni più oscuri nella storia della fabbrica e del suo universo sociale sono quelli della guerra: dal 1943 Ferrania è Stabilimento Ausiliario Germanico, per circolare occorrono dei visti rilasciati dalla commissione tedesca, vige la disciplina di guerra, sventolano le bandiere con la svastica. Il dissenso interno trova pochi spazi: dalla metà degli anni ’30 alcuni dipendenti sono arrestati e condannati per propaganda sovversiva.
Dentro i cancelli si riverbera il conflitto fra partigiani e forze nazifasciste, insediate in vari centri della valle e nel Dopolavoro. La fabbrica, con poche materie prime e con la produzione praticamente ferma, economizza sui consumi di elettricità e riscaldamento, anche mediante giorni di chiusura. Al villaggio operaio è imposto l’oscuramento, dal tramonto all’alba, con schermatura delle luci e tendaggi e carta opaca alle finestre; alla portineria di fabbrica si possono acquistare maschere antigas; sono disposti dei rifugi sotterranei per la popolazione e gli operai (tenuti a recuperare le ore lavorative perse durante gli allarmi antiaerei). Anche Ferrania conosce in tempo di guerra offese dolorose, pur circoscritte, alle persone (uccisioni, deportazioni) e alle cose.
Nel marzo 1945 scioperano le maestranze, in aprile le forze partigiane e poi un reggimento di fanteria americana entrano nella fabbrica, ormai abbandonata dai dirigenti. La commissione aziendale di epurazione, in accordo con il CLN di Ferrania (nel quale spicca il nome di Leopoldo Di Renzo, responsabile dell’ufficio tecnico), decreta l’allontanamento di quasi trenta dipendenti: la maggior parte sarà reintegrata nell’azienda, dopo un’amnistia. Il direttore Luigi Schiatti, viene processato e prosciolto: il suo difensore, Vittorio Luzzati (antifascista, ebreo scampato ai rastrellamenti, avvocato di Sandro Pertini), prova che, nonostante l’appoggio al fascismo, la direzione riforniva di viveri e coperte i partigiani nascosti fra le cascine.